Wertvolle Schreine der Verehrung und des Gebets: Klausen und Wallfahrtskirchen
Nach dem Ende der römischen Herrschaft wird das westliche Mittelmeer erneut unsicher; die Küstenstädte werden, außer sie sind befestigt, immer häufiger überfallen. Auch auf der Insel Elba ziehen ganze Orte um in bergigere Gebiete, die schwierig zu erreichen und zu belagern sind, und die Zahl der Einwohner sinkt erheblich. An abgeschiedensten Orten entstehen kleine, z. T. winzige Gemeinschaften von Mönchen und sogar von Einsiedlern, genannt Klausen; oft handelt es sich um landschaftlich wunderschöne Orte, an denen man immer noch den Frieden und die Heiterkeit spüren kann, die diese heiligen Männer hier gefunden haben. In die älteste und berühmteste Klause, Romitorio di San Cerbone, zog sich im Jahre 572 der heilige Bischof von Populonia auf der Flucht vor den Langobarden zurück; wahrscheinlich war sie ursprünglich nur eine Grotte, die später in ein Kirchlein und eine Klause umgewandelt wurde. Mitten in der Gegenreform, zwischen dem 16. und dem 17. Jh., wurden einige dieser Orte zu Wallfahrtskirchen, die der Madonnenverehrung geweiht waren, mit in ihren Strukturen einfachen, doch zugleich sehr beeindruckenden Gebäuden. Die mittelalterliche, in einem kühlen Kastanienwald versteckte Wallfahrtskirche Madonna del Monte bei Marciana wurde zwischen dem 13. und dem 14. Jh. mit großen Granitblöcken errichtet und im 16. Jh. neu erbaut; sie bewahrt eine auf Granit gemalte Madonna aus dem 15. Jh. auf, während einige der in der Apsis vorhandenen Figuren dem Maler Giovanni Antonio Bazzi (genannt Il Sodoma) zugeschrieben werden. Der mit Zinnen versehene und stilistisch vielfältige Glockenturm stammt aus dem 20. Jh. und an der Straße, die zu der Wallfahrtskirche führt, befinden sich die Kapellen eines Kreuzwegs.
In der angeschlossenen Klause, die San Paolo della Croce beherbergte, hielt sich für kurze Zeit auch Napoleon auf. Die Wallfahrtskirche Madonna delle Grazie in Capoliveri aus dem 16. Jh. weist einen Grundriss in Form eines lateinischen Kreuzes, eine bedekkte Kuppel mit Plättchen und orientalisch gefärbte Elemente im Giebel des Glockenturms auf. Der Legende zufolge wurde sie von den alten Eremiten bewohnt, die Mamilianus gefolgt waren, der nach dem 5. Jh. auf die Insel von Montecristo umgezogen war. Die Wallfahrtskirche Madonna della Neve in Lacona, errichtet im 16. Jh. auf einer vorhergehenden romanischen Struktur, wurde zwischen dem 17. und dem 20. Jh. mehrere Male umgestaltet. Die Wallfahrtskirche Madonna del Monserrato, mit einer einfachen, verputzten kleinen Kuppel, wurde im Jahr 1606 auf Wunsch des Gouverneurs von Longone, José Pons y Léon, errichtet, um an die gleichnamige Wallfahrtskirche in Katalonien zu erinnern.
In ihrem Inneren befindet sich, analog zu der in Spanien vorhandenen, eine Schwarze Madonna. Dieses Kirchlein wird jedes Jahr anlässlich der Jahrestage des 8. Septembers und des 8. Aprils geöffnet. Die Wallfahrtskirche Santa Caterina d’Alessandria in Rio nell’Elba stammt wahrscheinlich aus dem 16. Jh.; sie wurde auch als Klause benutzt und ist heute Sitz eines Zentrums für europäische Künstler und eines botanischen Gartens.